대부분의 사람들은 면세라고 하면 세금을 전혀 내지 않는 것으로 잘못 알고 있다.
세법상 면세사업은 비과세나 감면과는 다른 개념이다.
면세 규정은 부가가치세법 제12조에 나열되어 있는데, 미가공식료품, 수돗물, 연탄, 주택, 의료, 교육, 여객운송, 도서, 금융, 보험, 예술, 종교, 학술 등 실생활과 밀접한 관계가 있거나 보호, 육성 등 정책적 필요에 따라 부가가치세를 면제하는 경우가 이에 해당한다.
이처럼 면세사업자가 제공하는 재화나 용역에 대해서는 부가가치세가 붙지 않지만, 면세사업에 필요한 각종 비용지출 시 면세사업자가 부담하는 부가가치세 매입세액에 대해 매입세액을 공제받을 수 없기 때문에 부가가치세를 공제 또는 환급받을 수 없다.
그럼 면세사업자도 매입세액을 공제받을 수 있는 경우가 있을까? 면세사업자가 수출을 할 경우, 운송료, 창고사용료, 포장비 등을 지출하면서 부담한 매입세액은 공제받을 수 있는 방법이 있다.
부가가치세법에서는 면세사업자가 관할세무서장에게 면세포기서를 제출하고 과세사업자로 사업자등록을 정정하면 사업자등록 정정 이후 거래분에 대한 매입세액에 대해서는 공제받을 수 있도록 하고 있다.
국내판매분(면세사업)과 수출분(과세사업)을 겸업하는 경우에는 과세와 면세를 구분 기장함으로써, 수출분에 대한 매입세액을 구분할 수 있어야 한다.
면세포기를 하면 3년간 면세사업자로 돌아갈 수 없으므로, 일시적인 수출인 경우에는 면세포기에 따른 득실을 면밀히 검토한 후 결정하는 것이 좋다.
다만 이런 경우에는 매입세액 공제가 이루어지지 않는다.
사업과 직접적으로 관련없는 지출에 대한 매입세액, 비영업용 소형승용차의 구입과 유지에 관한 매입세액, 접대비 및 이와 유사한 비용 지출 관련 매입세액, 면세사업과 관련된 매입세액, 등록 전 매입세액 등. 이러한 매입세액에 대해서는 매출세액에서 공제되지 않으며 비록 매입세액 불공제 항목에 해당하지 않는다 하더라도 부가가치세 신고 시 매입세금계산서 합계표를 제출하지 않거나, 합계표기사항 중 필수 기재사항을 기재하지 않거나 사실과 다르게 기재한 경우에는 매입세금을 공제받을 수 없다.